وی گفت: ریشه این نگاه غربی ها به آزادی عقیده، یکی محکمه تفتیش عقایدی است که کلیسای کاتولیک در قرون وسطی در اروپا برپا کرد. اروپاییان خاطره خوشی از آن قرون ندارند و برای آنکه خود را راحت کرده باشند گفتند اساسا هر عقیده ای محترم است. ریشه دیگر آن این است که آنها دین را یک امر سلیقه ای و شخصی تلقی می کنند مانند رنگ لباس، نه راه واقعی سعادت انسان، لذا می گویند هرکس عقیده ای را می پسندد و نمی توان به دیگری به خاطر عقیده اش خرده گرفت. ولی ما دینی را که یک امر سلیقه ای و شخصی باشد دین نمی دانیم.
در بخش پرسش و پاسخ، مطهری در پاسخ به این سوال که چرا شما از سران فتنه دفاع می کنید، گفت: حرف من این است که در کشور نباید کاری خلاف قانون اساسی صورت گیرد. حبس یا حصر بدون حکم قضایی خلاف قانون اساسی است. اگر درباره آقای احمدی نژاد هم اتفاق می افتاد من اعتراض می کردم. علاوه براین، حوادث سال ٨٨ سه ریشه داشت، یکی اشتباهات برخی نهادهای حکومتی، دوم شیطنت های آقای احمدی نژاد و سوم عدم تمکین به قانون آن دو نفر و طولانی کردن اعتراضات. باید به هر ٣ عامل رسیدگی شود نه اینکه تمام تقصیرات را به گردن آن دو نفر بیاندازیم و آنها را به آمریکا و اسرائیل متصل کنیم.
وی در پاسخ به سوال دیگری درباره ترکیب مجلس آینده گفت: این امر بستگی به میزان مشارکت مردم دارد و میزان مشارکت مردم هم بستگی به نوع رفتار شورای نگهبان دارد که افراد مستقل و حقگو اجازه شرکت در انتخابات پیدا کنند یا نه.