فرزند او نوشته است: «محضر ملت شریف ایران محمدزارع فومنی زندانی سیاسی که به سرطان رکتوم مبتلا شدند؛ پس از رادیو درمانی و شیمیدرمانی امروز در بیمارستان بستری شدند و هم اکنون تحت عمل جراحی هستند لذا از همه دوستان و ملت شریف ایران تقاضا داریم برای ایشان دعا خیر کنند تا هم سلامتی خود را بدست آورند وهم از زندان آزاد شوند».
فومنی که در دههی هشتاد مدتی به اصلاحطلبان نزدیک بود اما در انتخابات ۱۴۰۰ از کاندیداتوری ابراهیم رئیسی حمایت کرده بود. با این حال پس از آن انتخابات و خصوصا اعتراضات سال ۱۴۰۱مواضع رادیکالی (علیه نظام و در دفاع از معترضان) خصوصا در شبکه اجتماعی صوتی کلابهاوس گرفت که بازداشت و بلافاصله برایش دادگاهی برگزار و به ۱۲ سال زندان محکوم شد! امیرحسین فومنی فرزند او جزییات اتهامات وارده و حکم صادره دادگاه ویژه روحانیت را اینگونه تشریح کرده بود؛
۱ -نشر اکاذیب علیه مسئولین نظام جمهوری اسلامی به قصد تشویش اذهان عمومی از طریق سامانه رایانه ای
۲ -اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی
۳ -اقوا و تحریک مردم به اغتشاش به قصد برهم زدن امنیت کشور
حکم صادر شده از شعبه دو دادگاه تجدید نظر به شرح ذیل می باشد:
برای اتهام ردیف اول ایشان دوسال حبس و ۱۵۰ میلیون ریال جزای نقدی
برای اتهام ردیف دوم به تحمل ۵ سال حبس تعزیری
برای اتهام ردیف سوم ۵ سال حبس تعزیری جمعا ۱۲ سال حبس قطعی محکوم گردید.
در ادامه این حکم آمده که در جهت جلو گیری از ادامه فعالیت های مجرمانه متهم باید دوسال از حبس خود را در زندان کرمان تحمل نماید.